I coronavirus (CoV) sono un genere di virus che possono causare diverse malattie nell’uomo, principalmente infezioni del tratto respiratorio superiore e del tratto gastrointestinale.
La gravità di queste condizioni è molto variabile, dal momento che i coronavirus sono responsabili sia di una buona parte delle comuni sindromi da raffreddamento sia di sindromi respiratorie gravi come la SARS (Sindrome Respiratoria Acuta Grave) e la MERS (Sindrome Respiratoria Mediorientale).
I coronavirus sono tra i virus a RNA più lunghi, circa 30 Kb (HIV, per confronto, è lungo circa 9 Kb).
I coronavirus sono comuni in molte specie animali (come i cammelli e i pipistrelli) ma in alcuni casi, se pur raramente, possono modificarsi e infettare l’uomo per poi diffondersi nella popolazione.
Il SARS-COV2 responsabile della attuale pandemia e della infezione COVID-19 è stato sequenziato a metà gennaio 2020 dai ricercatori cinesi e successivamente in altri laboratori nel mondo, compreso quello italiano dell’Istituto Nazionale per le Malattie Infettive Lazzaro Spallanzani.
I risultati del sequenziamento mostrano che il SARS-COV2 condivide per il 79,5% la sequenza genica del coronavirus della SARS e per il 96,2% quella di un coronavirus dei pipistrelli. Il virus che si sta diffondendo in Cina e nel resto del mondo ha la stessa sequenza del virus originariamente isolato a Wuhan, dunque è avvenuto un solo evento di passaggio di specie e al momento non si sono verificate mutazioni.
Inoltre, il SARS-COV2 condivide con il coronavirus della SARS lo stesso recettore di ingresso delle cellule, l’ACE2.7
Non è stata ancora individuata con certezza la specie animale di origine, anche se si suppone possano essere i pipistrelli della specie Rhinolophus affinis, con trasmissione diretta all’uomo o con eventuali altri ospiti intermedi (al momento non identificati).
Data la scarsa specificità dei sintomi, per la conferma della diagnosi di infezione da nuovo coronavirus è necessario effettuare test di laboratorio (Real Time PCR) su campioni respiratori e/o siero.
Con la circolare del 27 gennaio 2020 il Ministero della Salute ha fornito le raccomandazioni per i test di laboratorio, la raccolta e l’invio di campioni biologici.
La diagnosi molecolare può essere effettuata dai laboratori dei principali ospedali individuati dalle Regioni su campioni clinici respiratori secondo il protocollo validato di Real Time PCR per SARS-CoV-2.
La diagnosi di laboratorio del virus va effettuata, dove possibile, su campioni biologici prelevati dalle basse vie respiratorie (espettorato, aspirato endotracheale o lavaggio bronco-alveolare).
Se i pazienti non presentano segni di malattia delle basse vie respiratorie, o se la raccolta dei materiali dal tratto respiratorio inferiore non è possibile seppur clinicamente indicata, si raccomanda la raccolta di campioni prelevati dalle alte vie respiratorie (aspirato rinofaringeo, tamponi nasofaringei e orofaringei combinati).
In caso di risultato negativo di un test condotto su un campione biologico da paziente fortemente sospetto, si raccomanda di ripetere il prelievo di campioni biologici in tempi successivi e da diversi siti del tratto respiratorio (naso, espettorato, aspirato endotracheale).
Campioni biologici aggiuntivi quali sangue, urine e feci possono essere raccolti per monitorare la presenza di virus nei diversi compartimenti corporei.
I campioni devono essere immediatamente trasportati in laboratorio e impiegati nella diagnosi molecolare.
In che cosa consiste la diagnosi molecolare?
La prima fase dell’analisi consiste nell’estrazione degli acidi nucleici per individuare la presenza dell’RNA (l’acido ribonucleico) virale.
Una volta ottenuto l’RNA dal campione biologico, si procede con la fase definita di screening cioè l’individuazione della presenza di un virus della famiglia dei Coronavirus, di cui il SARS-CoV-2, responsabile dell’infezione COVID-19, fa parte.
Se questa fase è positiva, si procede alla ricerca dei marcatori genetici specifici del SARS-CoV-2, cioè di quella parte dell’RNA virale stabile, non sottoposta a mutazioni che caratterizza la specie.
Il test molecolare è in grado di dirci se il soggetto risulta infetto al momento dell’esecuzione del tampone, ma non è in grado di dirci se ha sviluppato IgG in grado di proteggerlo in caso di nuovo contatto o se in realtà il suo organismo non ha mai “incontrato” il virus, cosa che invece i test sierologici saranno in grado di fare, una volta adeguatamente testati e validati per evitare falsi positivi e/o negativi.
Per test sierologici si intende quei test in grado di dosare gli anticorpi di tipo IgG e IgM, che l’organismo produce a seguito del contatto con il virus e responsabili dei meccanismi di difesa messi in atto per contrastare l’infezione.
Attualmente i tamponi risultano essere i metodi più efficaci e attendibili sicuramente per individuare i i soggetti asintomatici ovvero quei soggetti che presentano sintomi sfumati oppure assenti e pur tuttavia sono positivi alla ricerca molecolare di SARS-CoV-2: questi soggetti rappresentano un importantissimo veicolo di trasmissione della malattia e pertanto la loro rilevazione deve essere effettuata all’interno di un percorso concordato e controllato dalle Istituzioni Regionali e Nazionali.